【NGS接龙】华大基因CEO杨爽：我要将“基因科技造福人类”坚持到底！
经贝瑞和康CEO周代星推荐，今日登场的是华大基因CEO杨爽。从南方中心到华大，从动物到植物，杨总向我们讲述了他一路走来，与基因行业的那些故事。
要说起NGS，还是想从跟基因组学这个行业的缘分说起。1999年，我在上海的国家人类基因组南方中心参与贺林老师的一项SNP（单核苷酸多态）分型的研究课题，那个时期正是华大基因在顺义空港园区成立，轰轰烈烈地开展人类基因组计划的时候。尽管很遗憾没有能参与到1％（人类基因组计划）的项目中，但已经强烈的感觉到，基因组学对于生命科学发展将起到颠覆性的影响。
之后到了昆明动物所跟王文老师做进化基因组学研究，更加体会到随着基因组学研究手段的进步。生命科学正在像20世纪初的物理学那样，快速地从以假说为驱动的实验科学转向以数据为驱动的理论科学，这种转变无疑将加快我们对生命本质的认识。而对这一体会最直观的说明，是倾我们实验室之力做了3年的一个项目，将果蝇全长cDNA文库中的6000多个基因做成探针，再利用荧光原位杂交技术看它们在近缘物种中的拷贝数变化情况，从而探寻新基因起源机理的一篇文章。随着NGS技术出现后陆续完成多个不同果蝇物种的基因组，而被Nature和Science的编辑从欣赏到抛弃，在完成一大轮各大牛杂志无果的review之后，最终这项研究结果发表在PloS Genetics杂志上。
感受到实验室才华横溢的师弟师妹们在学术道路上带来的巨大压力，也受到华大基因要将科研实力和成果转化为产业能力以服务社会这一愿景的感召，2005年我决定北上首都加入华大基因。作为曾经的项目合作方，初到顺义空港的我还是被“以项目带学科、产业和人才发展”的模式给震到了，一方面暗暗后悔没有机会参与到早期的1％、水稻、家蚕、SARS等重要基因组项目，体会那种激情澎湃的奋斗历程，但同时也实实在在对什么是数据驱动的大科学工程有了更深的认识。尤其在听到汪老师讲述当初如何在MegaBACE和ABI的测序仪之间做选择后，第一次意识到计算投入产出比对于大科学项目的成功是如此至关重要。
在华大基因永远不缺乏实战的机会。当时由于负责科技服务的市场工作，很快就在实践中再次领略了大科学工程的思维方式。那是2006年，NGS因被称作下一代测序技术（Next Generation Sequencing）而得名，面对当时呼声最高的454、Solexa和SoliD几项技术，华大的科技人员也在抓紧评估。正在此时，中国农科院蔬菜花卉所的黄三文研究员提出要跟华大基因一块儿合作做黄瓜基因组项目。而当时农科院方面的倾向性方案是由他们购买一台454机器产出一部分数据，加上请华大基因产出的Sanger数据，共同合作信息分析完成该基因组项目。因为采用焦磷酸测序的454测序读长最长，感觉比较保险。但是为了全面评估几项技术，取得最佳的项目投入产出比，时任华大基因大平台负责人的王俊让生物信息团队做了数据的模拟分析，拿出对比结果，说明Solexa的短reads和Sanger测序配合起来不仅可以完成这项工作，同时性价比也最高。王俊带着我到农科院就此模拟方案的展示，最终说服合作方放弃原方案，改为采用Sanger加Solexa的方法完成了黄瓜基因组测序，这也是第一次将NGS的短序列用于新基因组测序组装（de novo sequencing）的一个经典案例。
这种基于投入产出比的计算来选定技术方案的做法，个人觉得对华大基因以致对整个基因组学的发展都相当重要。因为从最开始的人类基因组计划（1%），水稻基因组计划等大项目，到后面无数商业合作基因组项目的实施，都得益于对成本的精确计算以及对技术路线的可行性及可靠性的准确评估，才得以成功。因此基因组学作为由数据驱动的大科学，不但在促进对生命基本规律认识方面的科学性很强，而且对技术的要求很高并具有很强的工程性特点。
正是因为认识到NGS技术能够把数据产出的通量快速提高，成本急速降低，而这意味着将为整个基因组学的学科发展和未来的产业化应用带来巨大的机遇。华大基因07年6月南下深圳寻找更大的发展空间，并选定了以完成“第一个亚洲人基因组”为目标的炎黄计划作为切入点。为了在尽短的时间内完成项目以树立标杆，当时所有实验室装修，电路、网络和大型机等配套设施建设，以及测序仪器的调试工作，都是按小时在卡进度，以保证王威、田埂等人带领的实验团队在拿到机器的第一时间能够开展工作；随后实验团队接力用几乎24小时不停的三班倒工作，在不到三个月的时间内完成了炎黄计划的数据产出；此后在李瑞强、李英睿和朱红梅等人带领的生物信息团队废寝忘食的工作努力下，最终于2008年11月发表了Nature的封面文章。
在整个项目过程中，不得不提的是当时Illumina团队与我们的紧密合作。那时早期Solexa GA机器的性能并不十分稳定，产出数据的质量也不是批批都能保证，但为了支持华大基因这个全球重要的战略伙伴，Illumina公司不但提供销售负责人周代星的贴身服务，机器维修工程师的现场驻扎，还将其最好的研发工程师之一的张露派到了深圳，与华大基因技术团队成员一同解决早期实验中遇到的各类问题。正是因为双方这样密切的合作，不但帮助华大基因完成炎黄计划、千人基因组计划、熊猫基因组计划等一系列标志性的科研成果，也使Illumina收购Solexa获得的SBS测序技术成为全球NGS的标杆。双方还共同推动了高通量测序技术在例如无创产前基因检测这样的医学诊断中的应用。应该说双方在这些合作的过程中，不但各自有所收获，而且也在互相成就。
高通量测序技术发展到今天，已经在无创产前基因检测、肿瘤的早期诊断和个体化用药指导等医学领域，在全基因组辅助分子育种等农业领域都取得了较为广泛的应用。但这项技术改变世界的潜力应该说还远远未被释放出来，其被公众所认知的程度也远远不够，因此我们还有很大的努力和发展空间。
未来，我们希望华大基因能把“基因科技造福人类”诠释得更加精彩。在这个过程当中，华大员工能够从“我”做起得到收获和成长，用自己研究出来的好产品，应该先为员工个人、家人以及朋友的健康提供好的帮助，在收获健康的同时再去追求更大的经济目标和物质回报。作为一个科技工作者出身做产业的人，希望能够看到更多的科技成果真正转化为应用，造福人们的生活，是我选择和坚守在华大基因这个平台上的理由。而以基因组学为代表的多组学的飞速发展，正实实在在给我们带来生物产业跨越式发展的机会，也让我们开始可以窥见一个新的生命经济时代的身影。
今天的华大基因已经拥有自主知识产权的高通量测序技术设备研发和生产能力，国产新的测序仪也将不断推出；伴随着未来的NGS的发展，基因组学和测序技术将更好地推动医学、农业等相关产业化的发展。我希望在行业里的同事、同仁、上下游的伙伴，大家能够一起形成一种合力，建立一种竞争合作的生态关系，大家一块推动测序技术继续前行，直接造福人们的健康和生活，共同迎接这一生命经济时代的到来！
今天的故事就讲到这里，希望“基因科技造福人类”这句话能够被更多的人去诠释。接下来，杨爽博士推荐曾一起合作过的中国农科院蔬菜花卉所黄三文研究员参与NGS接龙活动，让我们共同期待！
注：如需转载请注明来源（测序中国），谢谢！